你现在的境地，确实很尴尬。个人觉得你在此前犯了这么几个错：第一是贸然辞职。在自己对各种情形还没有衡量清楚并下定决心以前，你向学校贸然辞职，这无疑是将你和你的顶头领导还有同级副职的矛盾公开化，挑明了告诉对方以及全院老师同学你对他们的不满，而你自己也没有非走不可的决心。现在走不了了，矛盾也公开了，而你也不打算向他们二位妥协，所以情况就尴尬了。
第二个错误是你在学校中层的会议上得罪人，这是万万不该的。作为学院的主要领导，犯这种错误主要还是因为你那种知识分子的幼稚和单纯。你想为教师争取利益，正确的做法应该是提前酝酿、与相关部门充分交流沟通，会上要做的事情就是讨论和决策。作为领导，绝不应该把矛盾拿到会上激化，并为此得罪人。
根据你个人的表述，恕我冒昧，你的确是个不太成熟的副院长。

针对你目前的情况，给你提这样几条建议：
一是和你的两位同事主动修复关系。办法之一是主动找他们单独地、开诚布公地谈谈，检讨一下自己工作中不得法的地方，讲明自己渴望班子团结的愿望，说说以后工作中的打算，表明自己需要他们二位的支持。办法之二，是利用班子民主生活会之类的场合，开诚布公地开展一下批评和自我批评，表达一下自己做好工作、处好关系、维护好团结的愿望。
二是抓好手头的工作，包括教学和行政管理工作，既然留任了，就要尽职尽责把工作做好，这是工作的本分。
三是要改变工作方法，在不违背原则情况下，要学会处人和处事的技巧，善于灵活处理各种矛盾，使事情达到圆满的效果。
四是要养成自省和反思的习惯，经常反思自己的言行举止，总结发扬好的，摒弃改进不太好的，在反思中不断进步和提高。
五是要降低对个人前景的期待值。说实话，知识分子做官是件很悲哀的事，不要老是想着往上爬，应该先考虑如何在现在的位置上把事情做好，做出成果和业绩。要有襟怀，有耐心和平常心，做到即使这辈子再不提拔你，也能在这个岗位上津津有味地干下去。要有容人的气度，有在逆境中前行的勇气。
我向如果你能做到这几点，不但能把工作和个中关系处理好，将来提拔也应该是早早晚晚，水到渠成的事情。